Di samping penyediaan bantuan kemanusiaan, kerjasama antara NGO Malaysia dan Indonesia juga penting dalam membangun keupayaan dan memberikan sokongan jangka panjang kepada komuniti yang terjejas. Melalui pertukaran pengetahuan, kemahiran, dan sumber daya, NGO dari kedua negara dapat memperluas kesan positif mereka.
Program pertukaran sukarelawan antara NGO-NGO Malaysia dan Indonesia adalah contoh kerjasama ini. Dengan menyediakan platform bagi sukarelawan untuk berkongsi pengalaman dan belajar dari satu sama lain, program ini tidak hanya memperkukuhkan hubungan antara kedua negara tetapi juga meningkatkan keberkesanan usaha kemanusiaan.
Selain itu, kerjasama dalam bidang penyelidikan dan pembangunan projek-projek bersama juga memberi manfaat kepada kedua-dua negara. Dengan bekerjasama, NGO Malaysia dan Indonesia dapat memaksimumkan impak positif mereka dan memberikan sokongan yang lebih berkesan kepada mereka yang memerlukan.